La vague de plantation se ralentit néanmoins dans les années qui précèdent le Révolution française ; le prix du vin baisse, alors que les frais de viticulture et de vinification s’élèvent. En 1812, la Côte-d’Or possède environ 20 988 hectares de vignes, alors qu’en 1789 le vignoble représente 25 084 hectares environ.
La récession du vignoble s’accompagne cependant d’une conquête de liberté au niveau du travail après la Révolution et l’abolition de la féodalité. A noter que ce n’est qu’en 1790, lors de la constitution des départements français, que naquit la « Cote-d’Or ».
La Révolution engendre également une redistribution des possessions, et la vente des Biens nationaux contribue à une division importante des propriétés. Les vignobles bourguignons formant alors un seul domaine, aux mains d’un seul gros propriétaire, sont disloqués et revendus par petites parcelles. Les propriétés ecclésiastiques surtout sont complètement redistribuées lors des ventes aux enchères. Le parcellaire bourguignon actuel, on ne peut plus morcelé, est la conséquence directe de cette période où les mots d’ordre nouveaux sont liberté, égalité, fraternité. Œuvre de la classe bourgeoise, la Révolution est logiquement tout à l’avantage des négociants.
Ainsi, de 1850 à 1878, aucune ombre n’est portée à la prospérité bourguignonne. La réputation de qualité des vins de Bourgogne est acquise au-delà des frontières, les vins du Beaujolais ou du Mâconnais étant cependant considérés comme primeurs.
Le raccordement aux voies méditerranéennes a rendu d’autant plus indispensable la professionnalisation des méthodes commerciales du vin. Fidéliser sa clientèle en instaurant des rapports de confiance s’avère indispensable. Dans cette optique, les négociants envoient déjà plusieurs courriers annuels avec leurs tarifs ou des « vintage reports ». Ils ont vite compris que les vins du sud de la France offiraient aux bourgognes une concurrence sans précédent.
Cette lutte se trouve, par ailleurs, renforcée par l’arrivée en Bourgogne, vers 1874, d’une terrible maladie, dévastatrice du vignoble : le phylloxéra. Face au redoutable insecte, les angoisses et les faillites se multiplient. On craint la mort du vignoble bourguignon. Plusieurs remèdes sont tentés, en vain. Certaines familles ruinées revendent des grands crus en état de friche. Des vignes, en effet, ont traversé la crise phylloxérique sans dommage, parmi lesquelles... la romanée-conti.
Cette période a abouti à une solution encore en vigueur aujourd’hui. Depuis la fin du XIXe siècle, tous les ceps de Bourgogne sont greffés sur des plants américains particulièrement résistants au dangereux puceron. D’après les hommes contemporains à la crise, la reconstitution du vignoble bourguignon est un véritable succès et les vins provenant des vignes greffées auraient toutes les qualités de ceux de la période antérieure.