Au cours des 130 dernières années, l'implantation des cépages en Bourgogne n'a pas franchement pris l'aspect d'un long fleuve tranquille. Il faut, pour s'en convaincre, remonter jusqu'au phylloxéra, puceron apparu dans la seconde moitié du XIXe siècle dans le sud de la France, en provenance des Etats-Unis. En cherchant alors à vaincre un champignon, l'oïdium, par voie génétique en testant des cépages américains, les botanistes français ont en fait importé ce microscopique puceron destructeur contenu dans les pieds américains.
Le phylloxéra atteint le Mâconnais en 1875 et Meursault en 1978. En dehors de quelques îlots, l'ensemble du vignoble bourguignon est détruit en une vingtaine d'années. Deux philosophies de lutte et surtout de reconstitution du vignoble s'opposent alors : chimique contre génétique ; la seconde consistant à importer des espèces américaines, par nature résistantes au phylloxéra, pour y greffer des greffons (fraction de sarment d'un an comportant un œil, ou complexe de bourgeons) français. Des centres d'apprentissage des techniques de greffage apparaissent un peu partout en France. En 1884 est créée l'école de viticulture de Beaune.
Le vignoble va donc être replanté à partir des greffons " survivants ", greffés sur des porte-greffes américains, selon l'ancienne technique de sélection massale. Les meilleurs pieds de vigne sont identifiés ; chaque pied comporte 8 à 10 sarments et chaque sarment 4 ou 5 yeux (bourgeons) utilisables. A partir d'un pied, il est donc possible d'obtenir, par la massale, une quarantaine de greffons, qui donneront en sortie de pépinière environ 15 à 20 plants greffés à mettre en place au vignoble.
De nouveaux problèmes n'ont pas tardé à apparaître... Par endroits, les plants sélectionnés sur simple observation au vignoble, replantés dans des terres peuplées depuis longtemps par divers micro-organismes, vont rapidement souffrir de dégénérescences infectieuses, ou viroses, causées par des nématodes, petits vers présents dans le sol. La plus répandue de ces viroses en Bourgogne est le court-noué ; il se caractérise par de nombreuses anomalies de végétation qui entraînent un dépérissement visible et souvent complet des ceps. Seule solution : arracher, désinfecter, assainir le sol et replanter avec un matériel végétal sain. Le vignoble étant donc de nouveau menacé, cette fois par des virus, il a fallu réfléchir à une autre technique de multiplication de la vigne que la sélection massale. La sélection clonale est donc née au début des années 60.